根据《工资支付暂行规定》和《企业工资集体协商规定》，劳动者依法享有带薪年休假、事假和病假等假期。在请假期间，用人单位应当按照正常出勤计算工资，并扣除相应天数的带薪年休假、事假和病假工资。
具体计算方法如下：根据《关于工资总额组成的通知》规定，工资总额由基本工资、奖金（指生产奖、劳动竞赛奖和其他各种形式的奖金）、津贴和补贴以及加班加点工资四部分组成。因此，在计算扣除金额时，需要将该员工正常工作时间内的基本工资、奖金、津贴和补贴等全部纳入考虑范围。
另外，按照《关于工资总额组成的通知》规定，正常工作日每天工作时间不得超过8小时、每周工作时间不得超过44小时。如果该员工请假期间超出此范围安排工作，则需要按照《劳动法》第30条第1款规定支付双倍工资。
总之，在扣除带薪年休假、事假和病假工资时，应该综合考虑员工正常工作时间内的基本工资、奖金、津贴和补贴等全部收入，并根据具体情况确定扣除金额。如果请假期间超出正常工作时间安排工作，还需要按照法律规定支付双倍工资。
具体计算方法如下：根据《关于工资总额组成的通知》规定，工资总额由基本工资、奖金（指生产奖、劳动竞赛奖和其他各种形式的奖金）、津贴和补贴以及加班加点工资四部分组成。因此，在计算扣除金额时，需要将该员工正常工作时间内的基本工资、奖金、津贴和补贴等全部纳入考虑范围。
另外，按照《关于工资总额组成的通知》规定，正常工作日每天工作时间不得超过8小时、每周工作时间不得超过44小时。如果该员工请假期间超出此范围安排工作，则需要按照《劳动法》第30条第1款规定支付双倍工资。
总之，在扣除带薪年休假、事假和病假工资时，应该综合考虑员工正常工作时间内的基本工资、奖金、津贴和补贴等全部收入，并根据具体情况确定扣除金额。如果请假期间超出正常工作时间安排工作，还需要按照法律规定支付双倍工资。