Lammps及程序.pptx
文档名称:Lammps及程序.pptx
格式:pptx 大小:0.16MB 总页数:49
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文档介绍:Lammps程序关于lammps基础知识lammps的输入文件一般分为4个部分Initialization, Atom definition, Settings, Run a simulation,后面的两个部分可以按照需要多次重复;(1) Initialization在你的模拟体系定义之前, 一些参数必须要被设置. 相关的命令有:units, dimension, newton, processors, boundary, atom_style, atom_modify。其中,units: 选择单位系统, lammps提供了lj、real、metal三种单位系统;dimension: 2d模拟还是3d模拟, 默认是3d;boundary: 边界条件:周期性边界or自由边界;atom_style: 定义你的模拟体系中的原子属性, 注意这个style要区分后面设置力场参数时命令里提到的atom type;还有, 这些命令告诉lammps在你的模拟中使用何种力场: pair_style, bond_style, angle_style, dihedral_style, improper_style. 在LJ类型中,所有变量都是无单位的,实际量换算成简化单位量有系列公式缺省状态默认为LJ类型(2)Atom definitionlammps提供3种方式定义原子:① 通过read_data或read_restart命令从data或restart文件读入, 这些文件可以包含分子拓扑结构信息. ② 按照晶格的方式创建原子(不包含分子拓扑信息), 你会用到这几个命令: lattice, region, create_box, create_atoms. ③ 已经设置好的原子可以用replicate命令复制以生成一个更大规模的模拟体系.(3)Settings原子和分子的拓扑信息定义