在Windows上安装ImageJ，可访问官网下载Windows版本的安装包，解压后运行即可。无需复杂配置，直接双击启动程序使用。
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首先你需要在官网下载的安装
还需要好的环境。
最好查看一些教程 -
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memory只能设定为63M，不能按照说明书的要求设定为128M，也不能导入图片。
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这在ImageJ里是比较常用的操作，既然两天了也没有人回答，我就唠叨一下吧。
基本上，没有特别要求，怎么照都行，可以叠加。
广义上，共聚焦图像的叠加，通常有不同两种情况：
1，multichannel，双重或多重荧光标记，不同通道不同颜色荧光，这种叠加可称为merge；
2，stack，多层光切片的叠加，一般是Z轴方向，可以有多种算法，这种叠加可称为project。
当然，这两种情况也可以共同出现（为简单见我这里只说单纯情况），一般这两种情况的处理方法不同。
我感觉你是第一种情况。我就按这个说吧：
可以根据你所使用的共聚焦提供的软件设置每个通道为不同的颜色。其实，本质上来说都是伪彩（pseudocolor），就算你用同一种颜色，之后在ImageJ里也可以随意改变成你期望的两种颜色。
我通常用leica的机器，你可能能用别牌子的机器，这都没有关系。一般机器输出的图片都可以从中分离或者在confocal自带的软件里导出成.tiff格式,这个格式大多软件都认，也包括ImageJ。
现在我默认你已经有了两个来自于同一个样品的不同荧光通道的tiff图片，现在你在imageJ里面依次将它们打开，现在到ImageJ主界面菜单栏——》Image——》color——》mergechannels选中，会跳出colormerge对话框，有几个选项我不多讲了，按着软件的默认OK就行了。试试吧
另外，如果你是Zeiss的confocal输出的文件，ImageJ（V1.45）有现成的plugin，操作会更方便一点。
还有问题的话不妨先看看help。