我之前用小米3也遇到过这种情况，一开始还以为是电池坏了，后来查了资料发现其实是手机系统的一个保护机制，充到99%就自动停止是为了延长电池寿命，毕竟一直满电对锂电池不好，而且电量显示本身就有一定误差，实际可能已经满了，不用太担心这个问题
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你这个情况我估计是充电器或者数据线有问题，换个原装的试试看，有时候第三方配件不匹配会导致充电异常，而且接触不良也可能让系统误判电量，还有就是检查下充电口有没有灰尘堵住，清理一下说不定就好了，别一上来就怀疑是手机大问题
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这个99%卡住其实很多时候是软件显示延迟，你拔掉充电器过几分钟再插上看看是不是变了，有时候系统没及时刷新电量状态，另外长时间使用后电池循环次数多了，容量下降也会导致充电逻辑变化，属于正常老化现象，只要不影响日常使用就不用太在意
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其实这挺常见的，不只是小米3，很多安卓机都有类似情况，可能是系统优化的问题，也可能是电池老化导致充电管理异常，建议你先试试重启手机，或者把电池完全放电再充满几次校准一下，如果还不行就去小米论坛检测下电池健康状况
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我记得小米3这代机型系统更新后会出现一些小bug，可能和当时的MIUI版本有关，建议你去设置里看看有没有系统更新，升级到最新版也许能修复这个充电显示的问题，另外后台有些应用耗电异常也会影响电量统计，可以尝试恢复出厂设置试一试