放心吧，它只会删安装时生成的文件，系统设置也会恢复原样，安装程序自己不会被删~
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想卸载软件，可就是卸载不干净，总留下那以几个文件删不掉，可能的原因是你的软件没有用正当的手法去卸载，一个不小心上当了，误装了流氓软件，想卸还卸不掉，真是烦人。网络上到关于这方面的软件不少，可以看看
1、巧用qq来卸载顽固程序：将qq安装目录下的unins000.exe文件拷贝到要卸载文件的安装目录，再执行该程序即可!这种办法对于卸载那些反安装程序丢失或者损坏的文件有特效。
2、winamp的卸载程序可以安全卸载大部分应用程序：首先在“我的电脑”找到winamp安装目录下的uninstwp.exe程序，复制并粘贴到顽固程序所在的文件夹中，双击运行该程序就可以把顽固程序卸载得干干净净了。
3、运用winrar卸载顽固程序：通过其地址栏定位到顽固程序所在文件夹，再点工具栏上的“添加”按纽，此时会弹出“档案文件名字和参数”对话框，在“存档选项”中勾选“存档后删除原文件”点击“确定”，等压缩完成后，winrar会自动删除顽固软件文件夹，然后手工将刚生成的压缩包删除，一切搞定。
4、微软反间谍软件完美卸载3721程序：首先下载微软反间谍软件microsoftantispywareinstall.exe，界面是英文的，文字相当于高中英语水平，慢慢看能懂，安装后按提示升级最新数据库，执行scan，后发现100多个3721，cns*的东西，选择remove，慢慢的微软反间谍软件清除3721，cns*的东西，再提示重新启动机器;第一次3721还没清除完，在/programfiles/下还有3721目录，先卸载网络实名，右键清除开始--程序菜单中的3721条，再运行微软反间谍软件，扫描后发现多个3721，cns*的东西，但数量比第一次少多了选择，选择remove，清除3721，cns*的东西，再重新启动机器,这样就彻底清除3721。
5、运用windowsxp附带的msicuu.exe、msizap.exe来彻底卸载顽固程序：首先要打开windowsxp安装盘，点“supporttools”，进入硬盘的supporttools安装目录(x:programfilessupporttools)，找到msicuu.exe并双击，于是就会弹出一个“windowsinstallercleanup”窗口，显示当前已安装的所有程序列表。你从中选择顽固程序，然后单击“rmove”按钮即可卸载。如果以上方法无效，建议你用msizap.exe来卸载，方法是：打开注册表编辑器，定位到hkey_local_machinesoftwaremicrosoftwindowscurrentversionuninstall，在左边项中找到顽固程序的标识，然后依次选择“开始→程序→windowssupporttools→commandprompt”命令，命令提示符后，输入以下命令：msizapt，按回车后即可卸载顽固程序。
6、超级兔子优化王中提供了一个专业卸载功能，可以让你轻松卸载一些常见的顽固软件及ie插件。首先选择优化王下的“卸载软件”功能，然后切换到“专业卸载”选项卡，此处提供了18种软件的卸载功能。超级兔子优化王软件会自动对系统进行检测，若装有该程序的话此处便会显示“已安装”，接着选中要卸载的软件，单击“下一步”就可以把这些程序清理干净，将它们彻底赶出系统。
如何将软件残留垃圾全清除
在“开始→运行”窗口中输入msconfig.exe，确定后出现“系统配置实用程序”。点菜单栏里的“启动”按钮，就会看到软件被清除后残留的垃圾（如果有垃圾）。
对于大多数启动项来说，在用360安全卫士的启动项管理，就可以把它们清除掉。但并不彻底。尤其对那些显示位置是startup和commonstartup的启动项。就让我们把它们揪出来！！！
在“开始→运行”窗口中输入regedit.exe打开注册表编辑器，然后依次展开hkey_local_machinesoftwaremicrosoftsharedtoolsmsconfigstartupreg，你会看到其下有许多项，选中它，在右边窗格中你会看到key键值指向的是注册表中启动的位置，mommon键值是程序文件所在路径。右击残留的选项，选删除，会弹出警告，不用理会，确定后消灭它！
除此之外，还有一处，展开hkey_current_usersoftwaremicrosoftsharedtoolsmsconfigstartupreg，按照上面的步骤删除那些无用项。
再打开系统配置实用程序，看看启动标签下是不是干干净净 -
卸载的时候看清楚文字提示，一步一步慢慢来，一般涉及到要删除什么的时候都会出面要打勾去勾的选项，看清楚操作就行。
下载软件卸载一般都不会有删除下载文件的选项。
希望对你有帮助。