你这个情况我估计是系统更新之后占用的空间变大了，特别是MIUI每次大更新都挺吃存储的。还有可能就是你平时用着用着手机自动下了一些缓存文件或者日志啥的，这些东西长期积累下来也占了不少空间。建议你可以先清理一下系统缓存，看看能不能腾出点空间来，不行的话可以考虑卸载几个不常用的App，或者把照片视频这些大文件备份到云盘或电脑上
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估计你说的2.5g的手机内存并非是安装程序的rom所在位置，仅仅是从手机内存中分配出来的一部分功能类似于tf卡的存储介质。安装软件提示内存不足，多半是安装程序的rom可用空间低于用户可用空间的10%所致。一般来说，视频、音频文件和一些程序的下载路径或保存文件的路径都设置在tf卡中，而合理安装程序、删除一部分不常用的程序、合理设置下载文件的保存路径就可以解决你的问题了。
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红米Note系列本来存储管理就容易紧张，特别是低配版用户更容易遇到这种问题。新机刚买来的时候系统干净没装什么应用，所以更新没问题。但时间一长各种缓存和残留数据越积越多，系统本身升级也要额外空间，自然就会提示储存不足了。你可以试试进恢复模式清一下缓存分区，平时也可以考虑把微信这些App的数据定期清理掉，或者直接插个内存卡转移一部分资料出去