如果就是添加删除或者是加载等操作是不会影响你得到的点文件的精度的。应该就是你手持机自己的来自误差和底图（原图）的误差，你校正下底图，如果误差还是很大，要么重新去实地勘测下，要么手动修正吧。
另外你说的投影变换也可以试试七参数，这样求解之后的转换比较准点。但这个引起的误差不至于像你说的“很大”，我估计还是手持机和底图的问题。
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我觉得误差大可能不只是投影的问题，还有可能是数据采集时的精度限制。手持GPS本身精度就有限，尤其是在遮挡多的地方比如树林、山沟，信号跳动厉害，采集的点本身就存在几米到十几米的偏差。再加上MAPGIS处理过程中如果控制点选得不准，或者投影变换参数设置不合理，误差就会进一步放大。建议你在开阔地带重新采几个已知点验证一下，再检查投影设置是否和原图匹配
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100万的地图本身精度就有限，细节表现能力差，而你用手持GPS采集的是实地坐标，精度相对高一些，两者叠加本身就容易看起来对不上。再加上不同来源的数据可能存在制图综合、缩编等问题，地物位置已经过调整。所以即使投影正确，视觉上也会觉得偏移严重。建议换用更大比例尺的地图做对比，比如1:10万或1:5万的图，结果会更可靠
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100万的地形图用的是北京54或者西安80这类投影坐标系，直接叠加肯定对不上。建议你先确认原始图件的坐标系统，然后在MAPGIS里做准确的坐标转换，尤其是高斯克吕格投影参数要设置对，带号也不能错，不然误差几十米都很正常
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我之前做项目也碰到类似情况，最后发现是MAPGIS里的工作区范围和单位设置有问题。虽然做了投影变换，但如果工作区范围太大或单位没设成米，会导致坐标解析出错，点位乱飘。还有就是添加到图上时图层没有正确配准，或者地图本身的坐标信息丢失了。建议你先把点文件单独用正确的投影参数输出一遍，再用MAPGIS的镶嵌融合模块精确配准底图，同时检查每个步骤的坐标参数是否一致，尤其是椭球体和投影类型不能搞混